合肥研究院下屬10個研究所。在安徽光學精密機械研究所、等離子體物 理研究所、固體物理研究所、合肥智能機械研究所4個老牌研究所基礎上，自2006年起至2015年，陸續成立了強磁場科學中心、先進制造技術研究所、醫學物理與技術中心、技術生物與農業工程研究所、核能安全技術研究所、應用技術研究所。截至2016年7月，在職職工2500余人，其中專業技術人員2000 余人，高端科技專家如兩院院士、萬人計劃、千人計劃、杰出青年基金獲得者、“973”首席科學家、“863”計劃專家、關鍵技術人才等300多人。設有5 個博士后站點，在站博士后73人。設有12個博士點和25個碩士點，在讀研究生1600余人。自2014年起，合肥研究院招收的研究生全部擁有中國科學技 術大學學籍。